A una altura superior a 2.500 metros, en el corazón de los Alpes, se encuentra el Hospicio de San Bernardo, azotado durante casi todo el año por grandes tormentas de nieve. Fue erigido por Bernardo de Menthon, en 1050, justo en el paso que une Suiza con Italia.
En aquel hospicio vivía una comunidad de monjes que, además de dedicarse a sus labores religiosas, se encargaba de socorrer a los peregrinos ayudados por unos perros de gran talla e impresionante capacidad de trabajo. Los monjes los criaron durante siglos, pero, como cabe esperar, los avances en todas las tecnologías redujeron notablemente el uso del San Bernardo como animal de salvamento.
Sus orígenes han creado distintas teorías muy controvertidas y poco demostrables. La más extendida es la que refiere que procede de los molosos tibetanos. En el Museo Británico de Londres se encuentra un bajorrelieve del siglo VII antes de nuestra era, proveniente de un palacio de Nínive, en el que aparece el Gran Tibetano, de extraordinario parecido con el San Bernardo contemporáneo. Marco Polo los describe hacia 1295 como perro de gran alzada, fuertes y del tamaño de un asno. Buffon, autor de la obra científica «Historia natural», hace referencia de su existencia en el siglo XVIII. En 1897, el alemán Siber los describe en uno de sus libros.
Acerca de su llegada a Suiza, una teoría indica que fueron los galos quienes los llevaron en su invasión de Asia Menor. Otra hace hincapié en el hecho de que fueron los fenicios quienes los introdujeron en Grecia, y más tarde los romanos, al extender su imperio, los introdujeron en el resto de Europa. Estos perros adoptaron el nombre de molosos, al instalarse en los tiempos de la antigua Grecia en la región de Molosia.
El San Bernardo de pelo largo no aparece hasta el año 1830, momento en el que los monjes le cruzan con razas como el Terranova en la creencia de que un pelo más largo les haría más resistentes a las bajas temperaturas. La experiencia demostró que, al contrario, una mayor longitud de pelo retenía mayor cantidad de nieve, y que ésta, al helarse, impedía la libertad de movimientos que requería tan arduo trabajo. A pesar de este hecho, las dos variedades fueron admitidas desde entonces.
En 1862 fueron las primeras exposiciones en las que apareció el San Bernardo y su estándar se redactó en 1887. La raza fue criada con profusión por los británicos hacia el año 1830, debido a que por aquellas fechas el precio en el mercado de un ejemplar de esta raza alcanzaba cantidades muy altas. Se deseaban cada vez más grandes, tanto que fueron perdiendo tipicidad, característica que todavía arrastran los ejemplares británicos. Poco después de la II Guerra Mundial, la raza perdió popularidad, hasta que el doctor Morsiani, de Italia, cruzó ejemplares suizos y alemanes hasta conseguir un tipo de perro que alcanzó un gran prestigio mundial.
